Die Arbeitszeitregeln beziehen sich nur auf die Präsenzzeit, also die Zeit, die mit dem Zeiterfassungswidget erfasst wird.
Wenn das System Setting "Reporting = Timereporting" aktiviert ist und die Zeit der Reportings auch im Arbeitszeitkonto angezeigt wird, muss trotzdem bei jedem Reporting die Pausenzeit eingetragen werden, egal ob eine Arbeitszeitregel hinterlegt ist oder nicht.